مرفق أوميكس الأساسي

نظرًا لطبيعة المكوّن الجيني الخاص لسكان الكويت، تم إيلاء اهتمام كبير لإنشاء منشأة حديثة يمكنها فكّ رموز الجينوم الكويتي. وتوفر هذه المنصة تقنيات وأدوات بحثية عالية الإنتاجية لبحوث الجينوم، والعلم اللاجيني والوراثي وعلم النسخ، وهي مكملة بمجموعة واسعة من التقنيات لدراسة بنية الجينوم وديناميكياته ووظائفه. تم تجهيز المرفق الأساسي لعلم الجينوم بأنظمة تسلسل عالية الإنتاجية، بما في ذلك Hiseq 2500 و MiSeq وiSCAN System والمحلل الجيني 3730 xl ،بالإضافة إلى تقنيات التنميط الجيني مثل تفاعل البوليميراز المتسلسل اللحظي.

واستكمالًا لمرفق علم الجينوم، تم تجهيز معهد دسمان للسكري أيضًا بمعدات أساسية ومتقدمة لدراسة البروتينات وعلم الأيض. مرفق دراسة البروتينات وعلم الأيض مجهز بأحدث أجهزة قياس الطيف الكتلي (والتي تشمل Thermo Scientific™ Q Executive™ HF hybrid quadrupole-Orbitrap و Oribtrap Velos mass spectrometer). ويستطيع المرفق تحديد البروتينات والببتيدات والليبيدات والجليكان وغيرها من الجزيئات الصغيرة وقياس كميتها بدقة. بالإضافة إلى ذلك، يساعد تنميط البروتينات/المستقلبات غير المستهدفة في تحديد البروتينات والمستقلبات الموجودة في النظام البيولوجي ورسم خريطة لمسارها. نظراً إلى أن المستقلبات هي المنتجات النهائية للعمليات التي تحدث في الخلايا والأنسجة والأعضاء، توفر علوم الأيض نظرة حول النظام البيولوجي تعجز التقنيات الأخرى عن تقديمها.

مرفق دراسة البروتينات الأساسي مجهز بأحدث أجهزة قياس طيف الكتلة وأكثرها دقة. يمكن الاستعانة بخدمات المرفق ضمن مشروع بحث تعاوني أو كخدمات مدفوعة الأجر. تشمل خدمات دراسة البروتينات تحديد كمية البروتينات والببتيدات، بالإضافة إلى تحديد البروتينات غير المعروفة في مختلف العينات الحيوية بما في ذلك:

• المصول
• البلازما
• البول
• اللعاب
• البروتينات الحيوانية والمستخرجة من السلالة الخلوية

تشمل هذه الخدمات:

1. تحضير العينة بما في ذلك الهضم في في محلول هلامي.
2. وضع علامات الببتيدات باستخدام TMT أو غيرها عن طرق وضع علامات الببتيدات.
3. توسيم البروتين عبر استخدام النظائر المستقرة في زراعة الأنسجة (SILAC).
4. تحديد البروتين عبر استخدام أحدث أجهزة قياس الطيف الكتلي، بما في ذلك محلل الكتلة الهجين رباعي الأقطاب Thermo Q-Executive-HF hybrid quadrupole-Orbitrap.
5. تحديد كمية البروتين/الببتيدات عبر استخدام البروتينات/الببتيدات التي تم وضع العلامات الخاصة بها أو لا، باستخدام مقياس الطيف الكتلي الحديث، بما في ذلك محلل الكتلة الهجين الرباعي Orbitrap Thermo Q-Executive-HF.
6. تحليل البيانات المعلوماتية الحيوية باستخدام مكتشف البروتين / ماكسكوانت (Maxquant) أو أي برنامج آخر، بحسب ما هو متوفر.
7. تحديد التغيّر بعد التحول، مثل الفسفرة، والأستلة، والمثيلة الثنائية والثلاثية، بالإضافة إلى تغيّرات أخرى محتملة.

خدمات مخصصة أخرى بناءً على حاجة المستخدمين.

بالإضافة إلى خدمات دراسة البروتين، يتمتع معهد دسمان للسكري بالقدرة على إجراء تجارب الأيض/ الدهون على مختلف العينات الحيوية، بما في ذلك البلازما والمصل واللعاب والبول، وغيرها من السوائل الحيوية لتحديد وقياس الجزيئات الصغيرة المختلفة. ولدى المعهد جهاز عالي الدقة لاستشراب السائل والغاز، وهو مزوّد بمقياس طيف الكتلة (LC/MS) (GC/MS)، ويمكنه إجراء العديد من تجارب الأيض/الدهون. ويمكن توفير الخدمات التالية للباحثين المرتبطين بالمعهد أو من خارج المعهد مقابل رسوم:

1. استخلاص المواد الصلبة والسائلة وتحضير العينات البيولوجية.
2. تحديد ماهية وكمية المستقلبات الأيضية المستهدفة وغير المستهدفة.
3. تحديد ماهية وكمية الدهون المستهدفة وغير المستهدفة.
4. اكتشاف العلامات الحيوية وتحديد المستقلبات غير المعروفة.
5. تطوير المقايسة وتحديد كمية الجزيئات الصغيرة والأدوية والتحقق من صحة المؤشرات الحيوية المحتملة.
6. تحليل المعلومات الحيوية للمستقبلات باستخدام مختلف قواعد بيانات المستقلبات.

يوفر مرفق علم الجينوم الأساسي موارد وخدمات عالية الإنتاجية لتلبية الاحتياجات المتعلقة بعلم الجينوم، عبر استخدام أحدث التقنيات الجينومية لتحليل المواد الجينية. فيقدم مرفقنا خدمات شاملة والدعم لأحدث تجارب “omics”، بما يشمل تحليل المعلومات الحيوية. صُممت الخدمات بشكل خاص لتوفير الحلول الجينومية، منها تلك المتعلقة بعلم الجينوم والنسخ والأبحاث الوراثية. نحن ندعم مجتمعًا بحثيًا متنوعًا يشمل الأبحاث الطبية الحيوية الأساسية وعلم الوراثة السكانية. يقدّم فريق المعلوماتية الحيوية لدينا خدمات التحليل الجينومي القياسي والمخصص، وخدمات إدارة البيانات وتطوير أدوات المعلوماتية الحيوية وموارد الحوسبة الحيوية. ونوفر أيضاً المشورة لتوجيه التصميم التجريبي، وللمساعدة في تحديد التكنولوجيا المناسبة لاحتياجات البحث المحددة. مرافقنا الأساسية متاحة لباحثي معهد دسمان للسكري، بالإضافة إلى مراكز الباحثين والمعاهد الأكاديمية الأخرى.

تشمل خدماتنا:

• تسلسل الحمض النووي / الحمض النووي الريبي المستند إلى تقنية التسلسل عالية الإنتاجية، بما في ذلك Illumina HiSeq4000 والتسلسل الجديد.
• الجينوم الكامل أو إعادة التسلسل المستهدفة.
• تسلسل الإكسوم الكامل.
• التنميط الكامل لنسخة الجينوم بما في ذلك تحديد الكمية والايزوفورم والحمض النووي الريبي الصغير.
• رقاقة التسلسل لكشف مواقع ربط عامل النسخ في الجينوم.
• تحليل مصفوفة التنميط الجيني باستخدام منصة llumina للمصفوفات والتسلسل الميتاجينومي للجينوم.